部分學者指出，國科會的調查方法，根本無法比較建構式數學的好壞優劣；更何況，國科會主事者當初就是推動建構式數學的成員，有球員兼裁判、遮掩建構式數學弊端之嫌。 中華民國數學會理事長、吳鳳技術學院校長鄭國順表示，這次調查沒有實驗組跟對照組，光調查不同學年學生，沒有控制其他可能變數，調查結果沒太多意義，例如求助補習或家長自己補救教學產生的干擾變項，國科會的調查根本測不出來。 暨南大學教授李家同說，「教育部沒資格規定老師要怎麼教數學。」推動建構式數學之初，很多老師發現有問題，還是用傳統教法；部分都會區教授發現學建構式數學的孩子不背九九乘法，卯起來自己教，如今研究顯示孩子能力沒降低，不能替建構式數學的錯誤卸責。他輔導很多窮人家的孩子，升國三，還沒有國一數學程度，是誰的責任？又有誰關心？ 前教育部長黃榮村表示，一兩年前還沒有證據證明建構式數學造成學生數學能力下降，教育部「寧可信其有」，就已檢討修正，不要獨尊建構、多做銜接教學，不論建構式數學優劣如何，至少家長都不必擔心，因為課程綱要已修訂，孩子的數學能力也沒退步，就算這是補救教學或不再獨尊建構的功勞又何妨。 教育部國教司長吳財順表示，建構式數學應該是「加一種」教學法，而非取代原有教學法成為「唯一」，因每位學生都是獨立個體，每個班級也都不一樣，教育部目前作法是：不獨尊建構，但鼓勵教師涉獵各種教學方法，再由教師視教學過程、學生表現等，選擇最好教法並隨時改進。