高雄檢方在高雄捷運公辦六標案起訴書中，對六標招標是否應適用政府採購法並無明確說明；當年高市甄審會議討論時，委員間對是否適用政府採購法，幾經討論也沒有定案，當時市長謝長廷最後裁示「建議保留」。 公辦六標起訴書中，檢方強調公辦六標應符採購法「公正、公平、公開」原則及精神；吳益政等多位市議員昨天表示，政府出資委託民間辦理「公辦六標」，當然適用政府採購法。 高雄捷運局指出，捷運由政府負擔非自償部分招標，是否適用採購法，行政院工程會在八十八年七月函釋依獎參條例及子法規定辦理，不適用政府採購法。 但官員也坦承，委託民間辦理公辦六標招標、開標，高捷營運合約與附件都未明確規範「不適政府採購法」，只有指違反採購法被刊登在政府採購法公報處分者，不得參加投標，難怪有人也解讀為「適用採購法」。 此外高市甄審會議討論時，委員間對是否適用採購法，看法也不一。依高市府高捷五人調查小組十月公布的調查報告，會議因有委員不認同工程會釋示，謝長廷最後裁示「建議保留」，之後歷次會議也「始終未有明確決議」。 另市府五人小組調查報告「補充規定」說明中，指前捷運局長周禮良曾簽辦公文給謝長廷，指捷運局與三家入圍申請人座談，討論「對政府投資非自償部分之工程，採政府採購法或其他相關規定之精神，採公開發包方式發包」；會議記載申請人「對公開發包依制度進行沒意見」，而所謂「依制度」是否即採「政府採購法」，也沒有明確說詞。