對於余伯泉大力提倡通用拼音的學術成就，學者看法分歧，有人認為余伯泉只是修訂並推廣，「不是什麼驚人學術發現」；但也有學者強調「弄出一套拼音系統並不容易」，主張從社會學、語言學等不同角度看待，避免錯判通用拼音的學術價值。中研院語言所研究員李壬癸指出，通用拼音並不是余伯泉提出的新拼音法，而只是將現任教育部國語會主委鄭良偉提出的通用拼音修訂並推廣，余伯泉本身這方面的學術理論其實不足；他認為，通用拼音較貼近閩南語發音，以政治語言解讀就是「本土化」，若一定要從學術角度論斷其成就，問題會變得相當複雜。清大語言所教授曹逢甫則說，研發拼音系統是否能折抵論文，甚至一次折抵四篇論文，「我從來沒聽說過這種事」。他指出，以語言學研究而言，研發拼音系統並不是純粹的學術，必須推廣後為社會廣泛使用，才有價值，而且愈多人使用愈好；目前全世界使用最多的是漢語拼音，雖然有些不太合理，但外國人已經習慣。一名支持使用通用拼音的教授則表示，余伯泉為通用拼音付出很多，貢獻很大；雖然余伯泉很多著作是多名作者共同掛名，但多半是由余伯泉執筆，因此這方面的學術成就應予肯定。