高捷公辦六標案合議庭不認為高捷ＢＯＴ案適用政府採購法，這部分檢方在最後論告時做了相當多補強；甚至引謝長廷在市議會答詢，認應依政府採購法發包的錄音譯文，但未被合議庭採納。 檢察官還引據最高行政法院九十三年國道頭城蘇澳段及花蓮段ＢＯＴ案的判決，以及台大法學院長羅昌發教授所著「政府採購法與政府採購協定論析」中的相關見解，認為ＢＯＴ案在其他法律未規範時，應依政府採購法處理。這些論點，都未被合議庭接受，令檢察官感到不解。 檢察官在辯論庭論告指出，謝長廷擔任高雄市長時，八十八年十一月廿九日向市議會報告高捷案時說：「我堅持一部分的工程市政府要介入，因為議會監督我和市政府…。所以我上次提議，超過自償率兩倍以上的部分，譬如廠商出資二百五十億，政府出資五百億以上的部分，應該要按照政府採購法來發包。如此廠商就不會不甩，我們還是可以監督。」 隔天的會議中，謝長廷又說：「我剛才講得很清楚，超過自償率部分，市政府可以自行發包，依照政府採購法，其他部分就不再澄清。」 檢察官據以認為，時任市長的謝長廷，當時已考量到外界對於特許公司「以小搏大」的疑慮，以及政府高額出資的監督必要，清楚主張超過特許公司出資額度兩倍以上部分的工程項目，應依政府採購法辦理招標。而高雄捷運政府出資高達百分之八十三點一八，已超出高捷兩倍以上。 檢察官認為，高捷是公共建設，理應公開招標，但高捷合約所引據的獎勵民間參與交通建設條例沒有公開招標相關規定，理應依照獎參條例第二條「本條例未規定者，適用其他有關法律」的規定，適用政府採購法辦理招標，且公共工程委員會無權否定適用政府採購法。