有鑑於國中小學生學習成就落差愈來愈來大，數理、英語成績「雙峰」的情況尤其嚴重，教育部長黃榮村在第一次全國科學教育會議上宣布，將實施國中小基本能力檢定透過檢定結果，了解學生學習九年一貫課程的情況。 該方案於九十四年度先行試辦，先抽測部分小六學生，檢定科目為國語、英語及數學等三科，目前小四學生將是第一批接受這項檢定測驗的學生；九十六年度起則全面檢定小三、小六及九年級（國三）學生，科目擴及九年一貫課程七大學習領域。 國教司長劉奕權指出，國中小基本能力檢定考七大學習領域最基本的能力，只當為學生是否須接受補救教學的門檻，接受檢定的學生只有「通過」及「不通過」二種成績，絕不允許公布各個學生的細節成績，未通過的學生必須接受相關學習領域的補救教學，補救一定期間後，再接受另一次檢定，小六、國三學生未通過檢定，也不會影響畢業資格，上一階段教師必須將學生再補救的課程，移交給下一階段教師，繼續輔導學生。 為了避免基本能力檢定成績遭誤用，造成學生排名壓力，劉奕權強調，這項檢定不會公布學生的成績，不會排名評比，也不必要全國統一時間進行檢定，教師可以依照課程進度與學生學習情況，安排檢定時間，例如體育科目若是要求小三學生要做十五個仰臥起坐，教師隨時可檢測。 教育部、國科會聯合召開第一次全國教科科學教育會議，與會的學者專家、基層教師紛紛批評國中小學生數理等科目成績「雙峰」問題嚴重，頗多學生小學高年級起，因為學習成就不佳，就放棄學習。 教育部長黃榮村表示，教育部已經著手規畫國中小學生基本能力檢定，了解學生學習成就狀況，至於國小與國中課程的銜接，則規畫國中小教師暑期座談會，讓兩個階段的老師能夠充分交換意見，知道學生的水準。