經濟部官員指出，針對五年免稅和投資抵減重複適用爭議，修改「促進產業升級條例」母法，才是徹底解決之道；經濟部如以行政命令便宜行事，恐將被廠商提告，且敗訴機率高。 經濟部長何美玥昨（23）日對此則不願多談，她強調，經濟部將與財政部繼續協商，根據企業的反應，商訂一個適法的版本。 由於立法院通過最低稅負制，附帶決議：「新興重要策略性產業的五年免稅與投資抵減，有重複免稅現象，應儘速提出改進方案，並向立法院財政委員會報告。」 經濟部官員表示，之前與財政部協商時，原本已同意限縮企業的稅負優惠，未來企業在五年免稅和投資抵減二項優惠之間，只能擇一適用。 不過，經濟部認為，租稅優惠政策的改變，等於是「剝奪」企業的權利，希望能說服財政部，以修正母法的方式進行，不要僅透過子法修正，影響企業享受租稅優惠的權利。 修正母法和修正子法兩者的差異，除了法律周延性及正當性外，修正母法須送立法院審議，即使行政院在今年底，將修正案送到立法院，最快也需一段立法程序。但是，如以行政命令修改獎勵辦法，最快可能明年元月即實施。 經濟部官員認為，修改「促進產業升級條例」母法第6條及9條，將投資抵減和五年免稅規定重複優惠規定「二擇一」，經過立法院修正通過後，政府單位才能依法行政。如果僅修正「新興重要策略性產業屬於製造業及技術服務業部分獎勵辦法」第4條規定，有行政命令超越母法之虞，不僅企業會不服，一旦興訟，敗訴可能性也高。