行政院會通過國家通訊傳播委員會 (NCC)組織法修正草案與中央行政機關組織法修正草案，取消立法院對獨立機關委員選任的同意權，此舉引發藍軍立委撻伐，痛批行政院奪權、集權，嚴重違反民主國家權力分立制衡原則，同時更暴露扁政府獨裁心態。 NCC主委蘇永欽表示，目前NCC委員會並不了解修正草案內容，再加上NCC是被修法機關，現階段不適宜對外表示任何意見，但日後立法院審議該修正草案時，需要NCC對目前法律運作實況提出說明報告，委員會樂意配合。 蘇永欽再次重申NCC立場，強調尊重大法官的釋憲結果，但不認為目前NCC依政黨比例選任委員的產生方式，有違憲之虞。 國民黨立委雷倩、李永萍、洪秀柱同聲指出，大法官的釋憲結果，認為NCC委員依政黨比例產生，侵害行政權，有違憲之虞，但大法官並未宣告「立法院同意權違憲」，因此行政院的修正草案，剝奪國會的同意權，破壞行政、立法相互制衡原則，依目前國會政治生態，絕對不可能通過。 洪秀柱更批評，取消國會對獨立機關的同意權，不但造成行政權專斷獨大，黨政軍退出媒體的理想，更加遙不可及。 李永萍表示，在大法官會議針對NCC組織法釋憲後，國親即積極研擬修正版本，修法基調將兼顧政黨參與與尊重行政權立場。行政院此次修法，一次取消立法院對獨立機關的同意權，「NCC只是墊背，行政院意欲完全控制中選會，操縱重要公職選舉，才是政院修法的最終目的」。 雷倩強調，權力分立制衡，是民主法治的基本原則，行政院藉著修法，剝奪國會同意權，想百分百掌控所有行政資源，並迴避監督，已完全違反獨立機關原始設計原則，「是不是以後都不需要獨立機關了？」