中央行政機關組織基準法通過後，國民黨團認表示，五大獨立機關應超越黨派，由行政部門提名、立法院同意才能確保獨立超然性，絕無違憲問題；立委呼籲綠營應儘速將「行政院組織法修正草案」與「中央政府機關總員額法草案」送審，不要阻擋政府改造。 國民黨團首席副書記長黃德福表示，雖然民進黨選前不斷強調政府改造，但選後一直對本法興趣缺缺，「每次都是國民黨團要求協商」。他說，在前天協商之前，民進黨的立場都是不讓爭議法條表決，直到前研考會主委林嘉誠向陳水扁總統報告後，陳總統下令務必在本會期處理，昨天本案才能順利表決。 黃德福指出，國民黨版與行政院版的最大差別，在於政院版並沒有「總量管制」的觀念，照行政院最先提出的規畫，只比現狀少了四個部會，改革幅度不夠；他說，「國會都減半了，政府也該同步精簡改造」，美國、日本這麼大的國家、二級機關數也才十四個，以台灣的現狀，卅五個部會實在太多，立法規範部會總數為廿二個「十分合理」。 對於五大獨立機關的人事同意權，黃德福認為獨立機關若由行政院長提請總統任命，勢必產生單一政黨人選，「行使職權無法超越政黨」。黃德福指出，公平會可對廠商裁罰，通訊傳播委員會涉及執照發放與費率調整，中選會要維持選務中立，央行與金監會在先進國家都須國會同意，「這些機關當然不能由一黨操控，應由立法院同意」。 民進黨團表示要聲請釋憲，黃德福強調本法是依據憲法增修條文第三條的授權，絕無違憲之處；他希望民進黨能以國家長遠發展來考量問題，不要濫用行政權力，「希望他們三思而行」。