台南運河中的魚類經驗檢，重金屬殘留及生菌數含量偏高，其實台灣有不少河口和港區內的魚類有同樣的問題，釣友對可能遭汙染地區釣最好只享受釣魚樂趣，釣後的魚類最好放生，不要食用。　　　　　 台南運河自從施行汙水截流處理後，水質改善甚多，使得魚蝦生存的情況大幅改善，原本棲息在港區內的魚蝦，成群游往運河覓食，一年四季都可以看到成群的魚兒浮游，其中以豆仔魚最多，其次是虱目魚、吳郭魚，引來喜歡垂釣的民眾到運河畔下竿；去年市政府還為了運河水清有魚而舉辦釣魚比賽慶祝。　　　　 釣友說，運河的豆仔魚索餌強烈，用對餌料則揚竿不停，保証過癮。不過，台南市府建設局提醒市民，運河內游棲的豆仔魚等魚類，經農業委員會水產試驗所水產檢驗服務中心檢驗，殘留有重金屬且生菌數偏高，不宜食用。除生菌數及重金屬外，在運河甚至安平港內釣的豆仔魚，殺魚時一股臭油味撲鼻，煮後更是令人倒盡胃口，是港區水域污油和底泥造成。因此，真正想吃魚的內行釣友，很少在安平港區或運河垂釣，尤其是運河正在底泥疏濬，魚體汙染更為嚴重。 目前以釣竿在運河釣魚並不違法，但有人看到成群浮游的豆仔魚，仍以手網或「放綾仔（底刺網）」大量捕捉，甚至販賣。建設局表示，在公共水域及相連的非公共水域經營漁業者，依漁業法第六條規定，應先取得漁業證照並經市府核准始可，若未取得證照並經市府核准即逕行在運河內以「捕魚」方式經營漁業者，將依漁業法第六十四條第一款規定處以新台幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰，請民眾注意，以免觸法。 經常在台灣西部河口地區游弋，俗稱「豆仔魚」的前鱗鮻、白鮻、粗鱗鮻、大鱗鮻、長鰭凡鯔等鯔科魚類，甚至河川中游緩流區定棲的吳郭魚、福壽魚等，在高污染的環境中看來雖仍健康存活，但體內重金屬積存生菌污染仍高，不宜食用。