台南運河的水質經過處理後，安平港國家歷史風景區的水質逐漸好轉，為風景區發展奠下基礎，走上港邊的林默娘公園，吹來的不再是惡臭的海風。 安平港國家歷史風景區的水質除環保人員測試外，漁民及釣友感受最強烈。除惡臭味降低外，最明顯的是停泊的船隻，底部螺貝寄生的速度增加，有的船甚至達五公分厚，必須到船廠請人鏟除清洗，以免增加行船阻力。船主說，水質改善後水中微生物增多，螺貝類有足夠的食物，增生的速度比過去快很多。 另一表徵是安平遠洋漁港釣的魚，油臭味也明顯降低。釣友說，運河的廢水直接排入安平港區，釣到的虱目魚、豆仔魚根本沒人敢吃。水質改善後，情況逐年改善，今年釣到的虱目魚，無法排除全部的臭油味，但已改善甚多。 「安平港國家歷史風景區」是行政院「挑戰2008—國家重點發展計畫」，計畫期程六年，目前為第二年，計畫範圍涵蓋安平區及安平漁港、漁光島，內容共計有十七項子計畫，包括傳統聚落的整修整建、古堡暨洋行公園、港濱歷史公園、環港步道、水景公園、遊憩碼頭、灘岸旅遊區及亞太美術館等。