在政治現實考量下，台灣競爭力論壇副秘書長謝明輝認為，行政院組織改造應選擇阻力最小、反彈最少的次佳方案，也就是行政院版本，如此才能促成行政院組織改造，並逐步到位，達成最終的精簡目標。 謝明輝在「行政院組織改造」研討會第一場「組織改造論壇」中表示，研考會提出的行政院組織改造方案，也就是行政院版的13部、九會、一行、二總處、一機構、三獨立機關，是現實考量下，最為可行的次佳方案。 謝明輝指出，台灣競爭力論壇提出的13部、四會方案是行政院組織改造學理考量下的最佳方案，海基會董事長江丙坤提出的版本也是以13部、四會為行政院組織的最適數量，這兩個方案可以說是學理考量下的最佳方案。 但謝明輝強調，在政治現實因素考量下，學理的最佳方案未必是實務上最可行的方案，如果實踐上述兩方案，在實務上必須面對選票流失，財源整併導致行政運作困擾如公務員、地方派系利益的抵制問題。 如果這些問題不能獲得妥善解決，謝明輝說，各種狀況會接踵而至，如黨的反對、立法院不通過、輿論的質疑與批評，對於政府施政的誠信與後續政策推行，可能造成傷害。 謝明輝說，儘管最佳方案在學理上有其根據基礎，然而考量各項阻礙與抵制可能造成更大傷害的結果下，次佳方案成為政治圓融下不得不的選擇，這是「兩害相衝突取其輕，兩利相衝突取其重」。 謝明輝說，選擇次佳方案，雖無法完全符合行政院組織改造精簡原則，但可減少抵制與反抗，是阻力最小、可促成行政院組織改造的最佳方案。研考會提出的改造方案是現實考量下最為可行的次佳方案。行政院改造方案達成三目標，一、政府瘦身，將現有37個部會精簡為29個；二、檢討政府職能，合理配置公務人力，抑制員額膨脹；三、檢討黑機關。