現行高級中學法規定高中多元入學各項辦法，由各級主管教育行政機關訂定，也就是北高等直轄市，可以自己決定，造成中央與地方不同調，甚至引發縣市間的紛爭。教育部擬修法收回主權，若經行政院和立法院審議通過，縣市政府將對高中多元入學方案無權置喙。 台北市長選戰打得激烈，參選人郝龍斌和謝長廷，為解決台北市國中生升學壓力，都提出與教育相關政見，郝龍斌提出北市採用各科單一版本教科書、自辦基測，並擬明年9月就要實施，謝長廷則提出要讓國中免試升學。 參選人對多元入學方案有不同看法，依據現行高級中學法，包括入學考試、推薦甄選、登記、直升、保送、申請或分發等方式入學，可由各級主管教育行政機關訂定，北高兩市有權決定。不過，教育部正在研修高級中學法多元入學的相關規定，將改為由中央主管機關訂定，北高兩市將來也不能單獨決定高中多元入學的相關規定。 教育部中教司指出，最近修正的高級中學法多元入學相關規定，改為由中央主管機關訂定，包括入學實施區域、範圍、方法、招生對象、辦理時間、組織分工、名額比率等，目的是為了和高職法同步，因為高職法本來就規定主管機關為中央，修法是讓高中、職主管機關相同，沒有政治考量。 教育部官員透露，現行法規雖可容許北高兩市可自行決定多元入學招生相關辦法，由於涉及層面太過廣泛，以北市為例，甚至牽涉基隆、台北縣等外縣市學生權益，北市想單獨招生或辦基測，都會引發基隆、北縣的反彈，可行性很低。未來若是高級中學法修正草案經行政院和立法院審議通過，北高兩市更沒有單獨決定的權力。 但官員認為，修法的好處是讓各縣市高中多元入學方案都一體適用，不會有各唱各個調的情況，但修法還要經過行政院和立法院審議，各界有不同意見，仍可提出來討論。