中央研究院長達十二年九個月的「李遠哲院長」時代，即將在今年十月結束，對於李遠哲功過，院士多肯定他對中研院的貢獻，但也有不少人認為他涉入政治太多，反而減少能為國內教育、科技、文化做事的機會。 院士金耀基和曹永和說，李遠哲對中研院硬體的建設以及建立制度，功不可沒。 前教育部長吳京表示，李遠哲應以中研院院長之尊，擔任教科文研的發言人，並用自己的諾貝爾光環照顧教科文研。 院士勞思光說，李遠哲為台灣做這麼多事，是很大犧牲。但他主張，學界可以表達意見，但不應參與實際工作，像李遠哲擔任一些政府單位的召集人，就不太好。