中央研究院評議會將在四月投票選出三位院長候選人，再報請總統圈選。目前有十一人獲院士連署推薦，但有七人表示沒有意願而婉拒；遴選委員會將再徵詢其他優秀人選意願。 目前已獲推薦且有意願參選院長的四人分別是中研院副院長賴明詔、基因體研究中心主任翁啟惠、物理所特聘研究員吳茂昆及台大醫學院院長陳定信；依中研院組織法規定，只有院士才有資格參選院長。 中研院院長李遠哲發表聲明指出，院長遴選是選出適任者，應該無所謂「選情冷淡」的問題；學術界該避免透過不當運作而炒熱選情。 有院士分析，中研院院長必須放棄外國籍，但很多院士已在國外奮鬥多年，家庭也都在國外，要放棄外國籍，家庭事業都受影響，這會讓不少人猶豫。 另一個原因是立法院，這位院士表示，許多立委不懂得尊重別人，看到李遠哲院長這幾年在立法院的「遭遇」，很難不讓人卻步。 外界推測李遠哲對總統府有很大影響力，若沒獲得李遠哲支持，形同陪榜，才造成許多人不願參選；但一位院士不贊同這種看法，他表示，總統圈選院長前，應該會徵詢多位學術界人士的意見，不會只問李遠哲一人意見。 另一位院士也說，總統圈選的主要依據，應該是候選人在評議會投票時獲得的票數，所以評議會的支持才是關鍵，不是李遠哲。 李遠哲在聲明中表示，他不曾、也無意尋找「李遠哲的代理人」，新任院長的決定，關鍵在負有投票任務的評議會，評議員一定會善用權利，選出優秀的新任院長。