高鐵南科減振工程，檢調懷疑國科會捨十八億元的工法，就八十億元的規畫，涉嫌圖利鴻華聯合科技公司，指揮警調，同步搜索國科會、台南科學園區管理局及廠商等共十八個點，查扣四十多箱資料。 高等行政法院日前才判決國科會當初評選過程有三點違法，檢調又在此時大動作搜索，新聞局長鄭文燦表示，行政院尊重司法，絕不護短，該查就查，該辦就辦。負責此案的國科會副主委謝清志表示，國科會已決定對高等行政法院的判決提出上訴，檢調此時來查，正好還國科會清白。 高鐵經過南科造成振動過強的爭議，在九十一年初爆發，先後「振」掉國科會副主委薛香川和主委翁政義兩位政務官；最後行政院決定高鐵本身對兩百公尺以內造成的振動需低於六十五分貝，國科會再以工程技術，設法減到符合廠商需求的四十八分貝。 國科會於九十三年十一月從五家減振工法規畫廠商中，選出鴻華及永峻兩家進入複選。次年八月決選由鴻華得標。但鴻華所提工法「橋墩基礎加勁」配合「彈性減振牆」，預估要價九十六億元（最後施工經費為八十億元），遠超過永峻「膜包皂土球」索價十八億元，引起各方關注。 台南地檢署今年元月曾到國科會調閱減振相關資料，昨天由檢察官高峰祈、王森榮、曾昭愷、王聖豪率警調人員搜索國科會、南科、鴻華等廠商。 台北高等行政法院判決國科會違法三點是：一、兩家廠商均無法達到國科會要求的四十八分貝，卻沒廢標而依然決標；二、招標文件未將安全性列為評分項目，卻成為評選的參考要項；三、國科會同意鴻華採用「複合式工法」其實是兩種工法，不符合招標規範。 謝清志說，這種大型減振工程全世界首見，因台灣高鐵認為永峻工法危及高鐵安全，獲評審委員尊重，委員會並認為鴻華所提兩種工法是安全複合工法。他強調，價差大是為解決問題，若達不到相當好的減振效果，即使便宜也不能用。