法院組織法明訂在最高檢察署設立特偵組，寄望引進獨立檢察官精神，專辦「皇親國戚、黨政高官」的重大弊案；特偵組主任由檢察總長指派，僅受總長指揮，如同手握尚方寶劍，影響力不可小覷。 耐人尋味的是，特偵組還沒開始辦案，到底是由法務部或最高檢察署訂定特偵組運作辦法，檢察體系已經出現不同聲音。法務部搶先研擬，認為特偵組成員應以資深檢察官為主，定任期制；法務部如此積極，讓一些資深檢察官覺得不尋常。 據指出，未來特偵組將設資深檢察官六至十五人，由總長從各級檢察署挑選適當的查案高手，採集體辦案模式，可直接向法院聲請搜索票；也可直接指揮調查局、警政署、金管會等專業人員，進行跨轄區、甚至跨國性的犯罪偵查。 多數司法官認為，只要看總長挑選的特偵組主任及檢察官成員，就可以看出總長想辦出什麼樣的案件，以及想讓「皇親國戚、黨政高官」涉及的弊案，如何辦下去。 最高檢的特偵組開始運作後，現行二審查緝黑金行動中心及各地特偵組將自動廢止；至於目前二審任務編組的特偵組檢察官，將來是否能調至最高檢察署擔任特偵組辦事，仍有變數。 法務部長施茂林昨天已指示檢察司，著手規畫特偵組的詳細執行及遴選辦法。由於一般調部辦事的檢察官都有任期，法務部傾向讓特偵組的檢察官也有任期制，有人還建議比照總長，四年一任。 但考量經驗傳承，法務部初步規畫的辦法，不會讓特偵組的檢察官一次全面更換，可行方式是至少分兩部分穿插，一半舊人、加一半新人，除維持任期制，也能讓案件偵辦能銜接延續。 由於檢察官的升遷調任，必須經過檢察官人事審議委員會；法務部認為，總長指定的特偵組主任人選，除非是目前最高檢察署的檢察官，不須經過檢審會審核外；如調派一、二審的資深檢察官，都須檢審會審查通過。