財政部高層官員指出，金融政策權的歸屬問題，過去已廣泛討論，財政部尊重立法院的決定，不會有意見。但有高層官員指出，若行政院組織法將金管會界定為獨立機關，金融政策權回歸財政部應較合適。 財政部高層官員並引述行政院的立場指出，如果金管會為一獨立機關時，基於責任政治的考慮，金融政策權應由財政部主管，金融監理政策則由金管會負責。 國民黨團對於行政院組織法中有關金融政策權的歸屬問題，比較傾向回歸由財政部負責。國民黨團認為，金管會過去一年出了太多紕漏，包括用人不當、經驗不足，因此若政策權再交由金管會負責，並不妥當。 財政部長林全曾經表示，金融政策權的歸屬問題所以需要被討論，是因為中央行政機關組織基準法已經修正，行政院需配合修正組織法，在已經送交立法院審議的行政院組織法中，金融政策權還是由財政部設立金融政策司負責。 他並指出，若立法院通過的行政院組織法確定金管會屬於一獨立機構，不再是內閣的一部分，金管會將可不必參加行政院院會，屆時若金管會再同時擁有金融政策與金融監督權限，就會造成行政權被割裂的現象。相反的，若完成立法後的行政院組織法，金管會不是獨立機關，目前由金管會同時掌管金融政策與金融監理的權限，即不必有所改變。