高速鐵路通車時程將延後一年，即使如期通車，高鐵車站的聯外交通計畫恐怕還是趕不上新的通車目標日，乘客下了車，也會遭遇轉乘不便的問題。目前除了嘉義站、台南站的聯外客運路線將比高鐵更晚通車外，桃園站、新竹站和台南車站的軌道運輸最快也要等到98年才能完工。 除了台北和板橋站，高鐵沿線行經的地區均非各縣市的精華區，為解決高鐵乘客的未來可能面臨轉乘的困擾，交通部高速鐵路工程局於桃園、新竹、台中、嘉義、台南及高雄等六處車站，規畫了34條聯外客運路線及四條軌道運輸系統。 客運路線方面，計有19條為延駛路線，另15條屬新設路線，規畫和籌備期約1年至1年半。據最新進度，除了台中站的兩條聯外客運路線已完成招標，可跟得上高鐵最新通車時程外，包括桃園站、新竹站、嘉義站、台南站及高雄站的進度都不樂觀，其中又以嘉義站和台南站最嚴重。 新竹站因當地的客運業者只有一家新竹客運，卻對路線延駛至高鐵車站的興趣缺缺；嘉義站不但規畫的「公車捷運」(BRT)系統沒有業者願意投資，連新闢的嘉義站至白河、嘉義站至新營兩條客運路線都乏人問津，紛紛流標。 台南站的客運路線則因站址位於台南縣市交界處，兩縣市對於主導規畫新路線的意願不高，現正協調中；高雄站雖規畫4條客運路線，但業者認為旅客量恐怕不高，要求交通部同意開放業者聯合營運後再議。 軌道系統的建設時間更長，將成為桃園站聯外系統一部分的中正機場聯外捷運系統，最快只能在99年中旬完工，若高鐵順利在明年10月底通車，高鐵乘客要等近四年的時間才搭得到捷運。 新竹站和台南站將使用的台鐵內灣支線和沙崙支線，現由鐵路改建工程局辦理招標作業，預定98年完工。