中央政府瘦身，行政院所屬一級機關總數，將由目前的三十五個大幅減至廿個以下，並設立五到六個不隸屬於內閣的獨立機關，未來這些獨立機關首長將可獨立超然行使職權，不必出席行政院會，也不必陪同閣揆出席立法院總質詢。 推動行政院組織再造，政府改造委員會已確立未來行政部門將分為獨立機關、幕僚機關和業務機關三類。目前行政院研考會規劃的業務機關，包含現有的內政、外交、國防、財政、教育、法務、經濟、交通等八部，以及退除役官兵輔導委員會、原住民委員會、大陸委員會和客家事務委員會，還有規劃中改制整併新設的環境資源部、文化部、勞動部和衛生福利部等。 研考會初步將中央銀行、公平交易委員會、消費者保護委員會、中央選舉委員會、故宮博物院、原能會核能管制處列為可移轉為獨立機關的部會或單位。林嘉誠說，公平會未來可能會與消保會合併成一獨立運作的部會，中央銀行則維持現名與運作方式，至於故宮博物院是維持現制或改隸文化部，有待溝通。 至於幕僚機關，研考會定位為政策規劃協調單位。林嘉誠表示，行政院計畫將經建會、研考會合併改制為國家發展委員會，國科會和其他部會研發業務合併成為科技發展委員會，至於人事行政局與主計處，可能與財政部合併，另組「預算暨人事總署」。