政府改造工程已確立未來行政院組織將分「業務、幕僚及獨立機關」三類，並希望以20個部會為原則。 研考會主委林嘉誠昨(11)日指出，未來將規劃五至六個不隸屬於內閣的獨立機關，不必出席行政院會，及出席立法院總質詢。這些獨立機關的位階未必全然是部會層級，部份將會納編在其他部會下成為二級機關。 研考會現階段初步將中央銀行、公平交易委員會、消費者保護委員會、中央選舉委員會、電信資訊傳播委員會等為獨立機關。因此原規劃25個部會，再加上合併及轉為獨立機關後，目前的最高目標已轉為「以20個部會為原則」。 林嘉誠表示，行政院期望能將獨立機關的定位釐清為具有準司法、準立法性質的行政機關，採取合議制決策方式，首長採任期制保障，不受行政權和政治力干預，即使具有政務官身分，但並非閣員。 依研考會所研擬的腹案，也初步將幕僚機關定位為政策規劃協調單位。林嘉誠表示，行政院計劃將經建會、研考會合併改制為「國家發展委員會」，將公共工程委員會和國科會合併成為「科技發展委員會」，至於人事行政局與主計處，可能與財政部合併，另組「預算暨人事總署」，研考會計劃將行政院的幕僚機關壓縮在「二會一總署」的目標限額之內。 至於新聞局裁併之後的政府發言人與政令宣導業務，將移轉至行政院院部下，成為事務性幕僚機關。 至於行政院所規劃的「業務機關」，則包含現有的「八部二會」，以及退輔會、原民會、陸委會、客委會，以及規劃中改制整併新設的環境資源部、文化部、勞動部和衛生福利部等機關。林嘉誠表示，其中客委會與陸委會也兼具幕僚機關的性質。