財政部已經發布施行自由貿易港區貨物通關管理辦法，並已受理高雄港與經濟部加工出口區率先提出設置自由貿易港區的申請。為加速自由貿易港區貨物流通的效率，財政部同意，港區事業只要透過電腦連線，即可完成通關手續。 財政部發布的自由貿易港區貨物通關管理辦法，提供自由貿易港區「境內關外」的最優惠關稅與關務管理待遇。港區內的事業，只要透過電腦連線傳輸資料，貨物即可運進港區，並在港區內自由流通，財政部同時也准許自由貿易港區事業可以享有從事深層加工提高產品附加價值、自主管理等優惠待遇。 財政部表示，目前交通部高雄港務局與經濟部加工出口區管理處，均已提出將申請設置自由貿易港區。財政部已就有關管理可行性部分先評估，包括申請對象的連線系統與門禁管理等是否合乎自由貿易港區要求等，提出財政部的看法。 這二宗申設案件，已經進入由主管機關進行綜合評估的階段，未來再經經建會自由貿易港區申設審核小組，以及行政院同意後，即可決定是否准其設置。