由於健保實施總額支付制度後，大多數醫院收入隨著浮動點值下滑而大幅縮水，其中尤以南投縣的地區醫院「受創最大」，各家醫院收入均呈負成長，台灣地區醫院協會代南投縣的鄉親向衛生署請命，應設法讓南投縣的醫院有存活的空間，否則當地的社區型醫療照護恐會崩盤。 面臨健保點值縮水及醫院需回吐健保溢付款的「雙重夾殺」效應，最近南投縣不少私人醫院如竹山秀傳醫院、埔里基督教醫院、草屯佑民醫院和剛由彰化基督教醫院接手的南基醫院，都傳出經營困境。佑民醫院院長、地區醫院協會理事長謝文輝表示，南投位處921震災的震央，但當地的醫院面對天災並未被震垮，反而是健保實施醫院總額制度之下，顯然無法度過今年這個關卡。 謝文輝指出，南投縣地處偏僻、幅員廣大，根本「養不起」一家醫學中心，頂多以埔里、草屯、南投、竹山四個地區各有一家社區型的醫院，但他們發現，健保局雖聲稱每年有4%的成長率，整體應該成長了17%以上，可是對這四所醫院來講，實際分配到的健保資源卻比往年少了10~34%。 他表示，健保開辦之初，全台醫學中心只有14家，如今增為23家，反倒是地區醫院卻關閉200多家，主要是健保資源錯置，他感歎衛生署長口口聲聲說要疼惜厝邊的好病院，在政策上要重視落實社區醫療，但在醫院總額支付研議方案中，卻可能使得中小醫院搶不過大型醫院，即使縮小規模也無法經營下去。