地區醫院急速萎縮，台灣地區醫院協會認為與衛生署醫療資源不當補助署立醫院有關，今將有上千人至衛生署抗議，為弱勢地區民眾就醫權發聲。 地區醫院協會也質疑署立醫院採購、儀器的購入及維護都比私人醫院貴，以今年補助署立南投醫院兩千五百萬採購電子影像傳輸PACS系統為例，幾乎比行情價貴了將近一千萬元，「難道是議價能力有問題？」 對此，署立醫院管理委員會副執行長李舜基表示，同樣是車，內容不一樣、價錢也就不一樣，目前該系統仍在招標、規畫，一切依程序採購。 地區醫院協會理事長蕭志文表示，地區醫院從民國七十八年的七百五十多家，到去年底只剩下了二百五十家，因此，偏遠鄉鎮的民眾就醫，往往必須耗上將近一整天的時間，而地區醫院掛號費及部分負擔費用只有一百八十元，到醫學中心則從五百一十元起跳。 蕭志文說，無論是九二一震災、海棠風災，受限於交通，大醫院民眾去不了，全由地區醫院肩負起急、重症任務。 台灣地區醫院協會名譽理事長謝文輝表示，過去幾任衛生署長都是大醫院出身，從台北觀點來看政策，往往忽視弱勢民眾、地區醫院的需求。 因此，地區醫院協會要求衛生署能夠履行承諾，並將檢討藥價差結餘中的廿五億元還給地區醫院。 謝文輝說，目前多處偏遠地區已出現連一家地區醫院都沒有的窘境，像草屯、竹山居民急診或手術醫療，須跋山涉水，往台中、彰化外地就醫，但他們須跟醫療資源充沛的都市居民繳一樣的健保費。