埔里鎮地方民眾力爭多年的水蛙窟史前遺址設立中研院埔里分院案，因籌建保留款「繳庫」，恐成死棋，再度引起關注，以下是地方關心人士對此發展的看法。 馬文君（埔里鎮長）：中研院埔里分院設立最大的障礙是土地，水蛙窟劃定遺址後，完全不能開發破壞，現行法令缺乏讓「合理開發」與「遺址保護」兩全其美的配套；埔里鎮除了水蛙窟中研院埔里分院，國家射箭訓練場基地挖出大馬璘史前文物，同樣也進退兩難。籌建經費收回可以再爭取，令人擔心的是就算再有錢來，土地還是不能解套，還是動彈不得。 黃炫星（恩格文史工作室負責人）：錯過時機，是中研院埔里分院「死棋」關鍵，如果真的胎死腹中，水蛙窟遺址恐怕會因禁止開發破壞，又缺乏專業考古研究而永遠荒蕪一片；將來史前文物遭破壞可能都無人知，前途實在令人憂心，衷心期盼還有轉圜機會。 簡史朗（埔里文史聯盟成員）：中研院埔里分院很可能變成中研院「清水」分院，因為台中縣府積極爭取在清水「牛罵頭」史前遺址，甚至連文建會都支持；反觀，南投縣府雖然在埔里分院預算保留2年後變得較積極，卻遠不如台中縣府幾乎是「無條件」地向中研院伸手歡迎。 張麗盆（大城社區理事長）：水蛙窟遺址設中研院埔里分院，從李遠哲院長時代，就有中研院高層熱、地方熱、執行部門冷的現象，這與水蛙窟先天地理交通居劣勢，難以吸引研究人才有關；分院既然已成死棋，實在不必再「死馬當活馬醫」，應爭取中研院考古部門在水蛙窟成立研究「中繼站」，讓水蛙窟遺址恢復挖掘，成為研究台灣東西部史前文化交流的重鎮。