埔里鎮水蛙窟遺址，爭取中央研究院設立分院延宕近10年；如今文化資產審議委員會，決議廢止分院基地的遺址桎梏，卻又傳出中央將收回經費，地方憂心中研院分院恐已被積極爭取的台中縣清水牛罵頭遺址「搶走了」。 水蛙窟遺址涵蓋埔里鎮史港里近18公頃範圍，已發現豐富的石斧、石鋤等史前人類工具；92年先由南投縣府公告為縣級古蹟，去年文資法修定後，縣府重新指定為遺址；中研院前院長李遠哲曾積極推動，在水蛙窟成立中研院埔里分院，但隨著李前院長「不在其位」，中央對這項計畫也越來越冷淡。 今年5月中研院埔里分院籌備小組主要成員劉益昌教授，在埔里鎮公所舉辦公聽會，當時他就提醒說，除了水蛙窟，台中縣清水的牛罵頭遺址，也積極爭取中研院前往設分院，並已獲文建會高度支持；埔里鎮長馬文君說，如果中研院分院因此而「琵琶別抱」，埔里鎮民過去10年的期待與努力，難道就此落空？ 埔里鎮公所指出，依據劉益昌教授的分析，中研院今年編列的分院設置預算，除了分院基地需要縣府廢止遺址指定，還要經過土地使用變更的程序；縣府既然已同意在水蛙窟東北角3.5公頃無遺址保存價值的範圍，做為興建中研院考古文化中心的基地，除了力爭中央跨年度保留預算，也應主動積極配合中研院辦理土地使用變更，才能讓分院興建計畫動起來。 早年帶頭保住水蛙窟遺址免於開發破壞的地方文史工作者黃炫星說，水蛙窟長期公告禁止開發，讓地方對於經濟發展與遺址保存面臨兩難；唯有成立中研院埔里分院，才能為地方創造雙贏。