日月潭船屋長期在潭面排放汙染物，部分船屋未妥善管理，影響觀瞻，日月潭國家風景區管理處委託中興大學調查發現，130多艘有照船屋中，雖然裝飾美輪美奐，仍有部分破爛不堪，管理單位多頭馬車，風管處相當頭痛。 風景管理處處長林芳明說，風管處成立7年來，常接到遊客投訴，都說日月潭面有一些破舊船屋殺風景，詢問風管處為何不處理？ 林芳明說，民國20多年間，日本人興建日月潭水庫後，就出現船屋，當時由縣政府發給包括有門牌號碼的執照，後來縣政府又委託日月潭區漁會核發，船屋主人興建方式不一樣，有的往高空發展，有的擴大面積興建。 他表示，日月潭面屬台電公司管理，證照又係縣政府權責，風管處雖負責日月潭管理，卻非風管處能逕行解決船屋問題。