副總統呂秀蓮被週刊指稱曾用國務機要費買菜，在陳總統即將出手協調黨內總統初選前夕，此事益發敏感；不過，民進黨團總召柯建銘表示，「沒有人會把這個當成協調的基礎啦！」 馬英九遭起訴時，民進黨團幹事長王幸男就曾呼籲黨內天王們捫心自問「自己的特別費有沒有問題？」應確定沒問題再參選，以免「白忙一場」；黨政人士就曾半開玩笑地說，除了比民調高低外，「特別費有沒有問題」應該也要列入陳總統協調時的依據，到時協調時「記得攜帶自己的歷年特別費單據『驗明正身』」。 民進黨立委鄭運鵬就說，從陳總統到馬英九的案子以降，都可以發現首長都是將國務機要費當成特別費使用，又把特別費當成薪水用，結果「扁馬的假道學都被拆穿了。」 最早揭發馬英九特別費案、被稱為打馬英雄的民進黨立委謝欣霓則說，「蔣介石的特別費也有出現醬瓜，會不會是誤植啊！」