農糧署指出，全台有機作物的種植面積約一千七百公頃，由於都不是大面積的「集團式栽種」，有機農田幾乎全數緊鄰非有機農田，想避免被鄰田農藥汙染，難度很高。 目前本地產的有機作物以稻米占大宗，農糧署表示，二期稻作總種植面積共一千五百公頃，其中種有機米的農田約八百公頃，不少農地甚至有機、非有機農作物「混種」，有機農產品被驗出有農藥殘留其實並不意外。 農糧署表示，除了可能被鄰田的農藥汙染外，「混種」農田的機具因混用，也是被驗出農藥殘留的原因。 另外農民施作的有機肥料、營養劑，若製造廠商生產時即混入了農藥，也會導致有機作物被農藥汙染。 對於有機農產品，農糧署表示目前僅以「有機農產品生產規範」，規定農地應有適當防止外來汙染的圍籬或緩衝帶等措施，至於各農家或產銷班緩衝帶範圍要多寬、黑網架設多高，則全權由四家有機農產品驗證機構「因地制宜」負責管控，農糧署至今沒有任何規範。 農委會官員強調，消費者若發現市面上「有機農產品」，一定要確認是否貼有四家有機農產品驗證機構的輔導標章。 目前農委會認可的有機商品驗證機構：國際美育基金會（MOA）、台灣省有機農業生產協會（TOPA）、慈心有機農業發展基金會（TOAF）及台灣寶島有機農業發展協會（FOA）。