繼保稅工廠之後，財政部也同意科學工業園區的園區事業外銷貨物，經國外客戶指定將貨物交付海關管理的保稅倉庫進行檢測後再出口者，園區事業亦可在外銷貨物交付檢測後，檢具相關證明後適用零稅率。 財政部表示，財政部曾在79年及87年函令規定，科學工業園區內之園區事業外銷貨物，經國外客戶指定將該外銷貨物交付給加工出口區的外銷事業、科學工業園區事業或保稅工廠加工後出口，園區事業即可在外銷貨物交付加工後，申報適用零稅率。 在當時釋令中，財政部對於園區事業外銷貨物，經國外客戶指定將該外銷貨物交付給保稅倉庫加工，營業稅究應何時適用零稅率 並沒有規範。 財政部因此認為，鑒於科學工業園區、免稅出口區的外銷事業的外銷事業、海關管理保稅工廠及保稅倉庫同屬經濟特區，對於區內事業同一交易事項，應有一致課稅原則。