因應新制醫院評鑑，台北市立聯合醫院將進行第二波整合，忠孝與仁愛院區、和平與婦幼院區、中興與陽明院區進行配對，整合臨床與教學研究，成立一個超級大醫院的構想終不可行。 新制醫院評鑑要求教學醫院必須有四分之一醫師提出研究論文，以這個標準，許多教學醫院可能都無法達到，市立聯合醫院最近進行第二波整合改革，以一加一的方式，強化市醫教學研究能力。 聯合醫院整併之初，在各院區設醫療特色中心、分科部經營的構想，從各醫學中心借調多位具部定教授、副教授資格的醫師，擔任各醫療部科主任或院區院長，在達成階段性任務後最近紛紛求去，人事異動，讓各院區院長重新微調組裝。 新公布的人事，包括和平院區院長璩大成兼任婦幼院區、中興院區院長劉秀雯兼任陽明院區，衛生局並有意進一步配對忠孝與仁愛院區，兩院區人員調整配對，但也引發外界聯想，兩院區院長誰主誰從。 整併後好不容易步上軌道的市立聯合醫院，面對第二波改革，內部雜音不少。 聯合醫院副院長黃遵誠表示，其實很單純，因應新制醫院評鑑，未來沒有醫學中心、地區醫院等級之分，教學醫院分優等、合格、不合格，保守預估，現有的教學醫院，至少會被刷掉一半以上。 微調整合就是讓喜歡臨床服務的去做臨床，喜歡研究的走研究路線，依地區的特性，兩家醫院配對，進行內部人員調整，近期會到各院區舉辦說明會。 但各院區各行政事務，特別是藥品衛材、試劑及跨院區通用物品之採購仍由企畫行政中心統一辦理，各院區不得零星自行採購，防堵回到以往各院區各自為政的時代。 聯合醫院總院長孫瑞昇表示，這是經營政策的調整，不會影響各院區的醫療經營。