不少人質疑台北市連續兩年舉行的國小基本學力檢測，會增加學生壓力。台北市教育局長吳清基不以為然：「這項測驗就像是每年例行的健康檢查，不必過於緊張。」 外界抨擊台北市的國小基本學力檢測勞師動眾，造成學生壓力，甚至為此補習。吳清基強調，補習的問題老早就存在，不是為了測驗而補習，兩者之間沒有關係。 當年實施九年一貫課程時，不少人質疑九年一貫簡化課程，學生整體學力下降，但卻又沒有一套評量標準驗收九年一貫課程、教師教學，進行補救教學無從下手；因此，去年開始台北市小六學生上學期進行國語文的基本能力測驗。 吳清基指出，去年國語文測驗結果，學生學力雖不如想像地差，但教育局還是決定每周加一堂國語課，加強小朋友的國語文能力。 去年的報告中也發現，學生最不會用部首查字典，字形字音能力較差，原住民子女的國語文能力較弱。吳清基認為，這些結果都可以提供教師設計課程，或者是學校提供補救教學時的參考，更能修正教學政策。