即將在十月十九日接任中央研究院院長的翁啟惠，因同時擁有美國和中華民國國籍而引起爭議，中研院請總統府解釋，總統府已同意翁啟惠可保有美國籍。 總統府九月十三日正式回函中研院，表示同意翁啟惠保有美國籍，理由是中研院為學術研究機構，可符合國籍法的除外規定。 依今年一月新修訂的國籍法規定，擁有中華民國和其他國家雙重國籍者，不得擔任公職，但公立大學校長、公立學校教師兼任行政主管人員，以及研究機關、機構首長、副首長和研究員，若「具有專長或特殊技能而在我國不易覓得之人才，且不涉及國家機密之職務」，又經該管主管機關核准者，則不在此限。 中研院院長是特任官，依過去解釋，均不得由雙重國籍者出任，但因又是研究機關首長，是否可適用於這一條條文，由於中研院隸屬於總統府，所以需由總統府決定。 中研院在今年六月發文詢問總統府，因總統府遲未決定，八月再度發文詢問；中研院的態度是，院長需經常到各國參加學術會議，若能保有美國籍與美國國家科學院院士身分（若放棄美國籍，就變成外籍院士，喪失投票權和決策權），對我國參與國際組織、推動國際學術交流及拓展國際空間，會有幫助。 現任中研院院長李遠哲在一九九四年接受前總統李登輝延攬回國時，也放棄了美國籍。新任院長翁啟惠現任中研院基因體研究中心主任，今年五月由陳水扁總統親自圈選出線。 翁啟惠也曾表示「一切依照台灣的規定辦理」，他願意放棄在美國的研究工作，回到台灣，就是因為愛鄉土的心意；至於是否必須放棄美國國籍，交由總統府決定。翁啟惠現在在美國的研究團隊有四十多人，每年研究經費超過數百萬美元。