趙建銘是否向台大申請復職、或復職後的去處，引起各方注意，北部醫療院所不歡迎，但立委林樹山建議趙建銘到台大醫院雲林分院服務；台大雲林分院表示「一切都依照制度」，但有醫護人員私下表示，台大總院如果將燙手山芋丟到雲林，或以類似「流放邊疆」的方式讓趙建銘到雲林，是對雲林的歧視。 雲林分院有主管表示，台大雲林分院雖是總院的下轄體系之一，但自台大醫院接管原署立雲林醫院後，全院醫護人員都非常努力，全力提昇雲林地區的醫療水準。如果趙建銘到雲林，被視為「放逐」到邊遠地區以求悔過的作法，對雲林鄉親、雲林分院的醫護人員「非常不公平」。 也有醫護人員擔心，趙建銘在台大總院就已「獨當一面」，沒人管得了，如到雲林服務，「到底誰才是分院長？」有位分院人員說，趙建銘的醫術應沒問題，但行為已造成全國紛擾，台大總院如果將「球」丟到雲林分院，「太不厚道了吧！」