國安會秘書長邱義仁留任，國親立院黨團都認為，總統此舉完全看不出有任何自省、革新的意味。 國民黨中央政策會執行長曾永權說，國安會部分人事異動，卻未調整介入政爭、指揮選舉的邱義仁，國民黨尊重，但感覺不到總統陳水扁自省、革新。 親民黨團總召呂學樟說，國安會的人事變革不代表革新，兩副秘書長職務異動的原因沒交代清楚，真正該撤換的是邱義仁，此一連串人事異動，只是想轉移弊案焦點。