陳水扁總統將現任國安會秘書長邱義仁與總統府秘書長陳唐山互調，以邱義仁的背景、條件，扁選擇由他重新出任總統府秘書長，斡旋黨政事務不難理解，但事實上，新任國安局局長許惠祐的角色，可能更為關鍵。 許惠祐自被拔擢海巡署署長，到國安局副局長，再到國安局局長，一路關於他的「流言」不斷，雖然多少延遲了他升遷的時機，但僅稍微減緩速度，府方高層為其所規劃的方向與路徑，其實一直沒有偏離軌道。 陳水扁「頭號軍師」邱義仁，對許惠祐的出線，有一定程度的影響。許惠祐雖出身藍營，但為人調性與邱義仁頗為相似，邱、許兩人私下的交情，恐怕比邱義仁跟多數綠營同志還要密切。許能言善道，說話旁徵博引，妙語如珠，看在邱義仁眼裡，這不是油嘴滑舌，而是瀟灑不羈。 邱義仁是綠營的「智多星」，許惠祐的機智，較之前朝人等，也有他的特色，兩人都習慣被以「聰明」形容，但真正拉近兩人距離的，則是彼此自然流露的「江湖味」。邱、許兩人互動，不拘小節，氣味相投，公誼轉私交、私交再轉公誼。 陳總統對許惠祐也觀察相當長一段時間，許惠祐難掩企圖心，但少出亂子，加上有邱背書，在邱義仁離開國安會，轉入斡旋黨政事務後，國安系統一環，便順理成章交到許惠祐手上。 國安局、調查局向來是陳總統相當頭痛的兩顆大石頭，運用得當，如虎添翼，但偏偏陳總統執政至今，還是覺得握不緊它的方向盤，調查局在由葉盛茂出任後稍有起色，現在就看許惠祐如何讓國安局成為陳總統的另一片羽翼了。 至於邱義仁，回鍋擔任總統府秘書長是重操舊業，對操盤黨政事務駕輕就熟，陳水扁急於將他調至總統府秘書長，無疑是為趕在黨內總統初選登記之前，預作佈局。由他出馬，2008一旦與對手開戰，必然又是場遍地烽火的割喉戰局。配合與他一樣具有「戰鬥性格」的許惠祐，邱、許似在為陳水扁共織火網。 關於陳唐山部分，他是陳總統週邊少數僅存，還有「台獨大老」光環的檯面上人物，20年的旅美經驗，以及外長經歷，其實都比不過陳唐山明明白白的「台獨意識」所衍生的份量。 陳唐山在涉外事務上，於黨內或許有他的評價，但就國安系統的運作，可能就超乎他長才之外。因此陳唐山任國安會秘書長，應是在為扁保持「獨派勢力」的色彩，從而穩固扁內部的權力基礎。