最新一期壹週刊報導，陳水扁總統將部分國務機要費撥給副總統呂秀蓮使用，呂秀蓮卻拿來家用，甚至拿來買醬菜，總統府秘書長邱義仁也曾使用國務機要費，部分被邱義仁拿去付到台大看病的費用。 報導中說，呂秀蓮報銷費用的發票，遍及家樂福、好市多等大賣場，也有太平洋崇光百貨、新光三越百貨，細目則有魚肉、青菜、甚至連單價僅30元的泡菜、菜心等，還有不少是金石堂書店、服飾店的單據，也有便利商店販賣的行動電話儲值卡。 對於邱義仁使用國務機要費的情況，壹週刊報導中指出，邱義仁常到台大景福門診看病，掛費費與部分負擔費用，邱義仁都拿來報國務機要費。總統府公共事務室上午表示，這個案子已經進入司法程序，不便評論。