多數國民黨立委對黨主席馬英九積極推動國親聯盟不以為然，立委徐中雄與吳育昇對國親政黨聯盟一旦形成，國民黨可能因此失去主體性感到憂心。本土派立委許舒博更對黨中央嗆聲，批評國親政黨聯盟的黨內決策，絕不能由上而下，要求召開黨團大會，中常會同時必須重視黨團大會的決議。 許舒博指出，國親整合是泛藍民眾共識，他沒有意見，但有關立委選區的協調，「要國民黨禮讓，沒有可能」。他強調，事關立委權益，黨中央在研議國親政黨聯盟時，必須充分尊重並重視黨籍立委意見。 許舒博指出，成立國親政黨聯盟的目標，是為2008勝選，馬英九就無法迴避釋出2008資源的敏感問題。他認為，馬英九能否適時釋出2008勝選資源，會是國親整合的必要條件。 黨籍立委對馬英九積極推動的國親政黨聯盟存有諸多疑慮，國民黨中央政策會執行長曾永權表示，黨主席馬英九在中常會上已裁示，將此議題交由黨務、政治小組研議。黨團書記長蔡錦隆指出，在小組研議結果出來前，沒有立即召開黨團大會的必要，他表示，目前中常會32位中常委，立委就佔了21席，「如果多數立委有意見，馬英九也不可能在中常會上強勢裁示通過。」