生技中心一年的預算6.2億元，和國內多數財團法人相較並不多，但是生技中心在國內生技產業扮演相當重要的推手，執行長的年薪加公關費用達500萬元，因此在這次遴選過程，耳語不斷。 為了消弭外界的質疑，生技中心董事長吳樹民7月宣布要成立15位遴選委員，以專業標準遴選新任執行長。不過，由於遴選委員的挑選，一開始就由台灣醫界聯盟執行長、現任生技中心顧問林世嘉負責，部分候選人質疑遴選委員名單早已經過篩選。 從7月以來，角逐執行長的名單已在生技中心內部流傳，雖然參選人早在8月15日前就已截止報名，但是之後每隔一段時間又會出現新的人選。 生技中心成立22年，接受經濟部編列預算超過100億元，雖然發展至今仍在虧損經營，不過，生技中心執行長坐領月薪30萬元，連同年終獎金及公關費用，每年至少可領500萬元，且負責每年數千萬元的海外技術引進。 儘管吳明基接任執行長的消息已曝光，但只怕生技中心內部的流言，短期內不會平息。