奇美集團南科液晶電視專區明年初開始興建後，奇美電子將呈現跨科學園區內區外作業的少見廠商，產品內容大部分屬於保稅商品，卻因跨關區，歸屬不同編碼，未來勢必造作兩套帳冊，嚴重影響作業效率。 奇美電子指出，奇美電子所投入的TFT-LCD產業，上下游相關範圍相當廣，有些相關廠商不符合進駐科學園區的條件。奇美在南科特定區內規劃開發的液晶電視專區除了奇美電子、奇菱科技、奇景光電、新視代公司等奇美集團旗下廠商，同時也引進塑膠、裝配、物流等等相關廠商，才能提高整個產業的整合效益。 不過園區內外分屬不同的關務系統，園區內屬於高雄關稅局南科支局籌備處管轄，園區外原本屬於高雄支局管轄。在奇美電子與南科管理局的爭取下，園區外將就近由南科支局籌備處跨區就近監管。 但即使是同一個單位主管，但是園區內與園區外分屬不同的關區，而且編碼也都不同，未來同一項產品恐將編列兩種編碼，分製兩本帳冊，造成內部管理的沈重負擔。 奇美電子副總經理林榮俊指出，科學園區內的土地資源有限，奇美電子傾向於區內區外有不同的分工方式，前段製程TFT、LCD的部分將繼續在南科生產，而後段的LCM部分除了現有的部分，將不再在區內設廠，新建廠將移到園區外的液晶電視專區組裝。 但雖然分前段後段，但即使到LCD的程序後，再送到區外組裝，仍可能因為維修問題必須回送區內。而且以奇美電子生產規模之大，這種案件勢必相當頻仍，區內區外分成兩套編碼，確實是一個相當麻煩的問題。 林榮俊表示，以往園區內與園區外有不同的編碼系統是有時空因素，但是產業聚落的形態形成後，未來園區內與園區外的往來勢必更加密切，期望相關單位重視這個問題，提高光電產業的競爭條件。