「領土主權之爭，是台日過去十四次漁權談判沒有結果的原因。」一位熟悉台日漁權紛爭的官員提醒民眾對第十五次的談判不要太樂觀，「這次談判如果要有進展，就必須雙方各讓一步。」 一九九六年七月日本批准一九八二年聯合國海洋法公約，並據以實施二百浬專屬經濟海域，由於日本許多小島鄰近台灣，兩國經濟海域嚴重重疊，漁權糾紛隨即產生。 當時我國政府訂出四項處理原則，分別為：堅決主張擁有釣魚台列嶼主權、以和平理性方式解決問題、不與大陸共同處理、優先維護漁民權益，並在當年八月與日本舉行第一次「台日漁業會談」，到二○○四年九月為止共舉行了十四次，都無法達成結論。 釣魚台主權歸屬是台日雙方主要歧見之一。如果以彭佳嶼為基準點，台灣的經濟海域只能劃到東經一百廿五度四十二分，若從釣魚台劃二百浬，則可達東經一百廿八度，涵蓋琉球群島；我方堅持後者，但日本當然不同意。 台日雙方對兩國經濟海域劃界的方式也互不相讓，日方堅持依「中間線原則」處理，也就是以兩國鄰近島嶼的中線來劃界，我方認為台灣本島面積及人口都比鄰近日本島嶼超出許多，僅依地理位置來區劃中線並不公平，因此主張採行「衡平原則」，依島嶼大小及人口原則作比例分配，內政部也據此公布我方的暫定執法線。 日本與那國島距離台灣只有一百多公里，如果依照中線原則劃界，蘇澳漁民出海沒多久就會越界，我方當然不可能接受。 由於了解釣魚台問題的複雜性，日方另外主張在釣魚台列嶼附近海域劃出「日台暫定水域」，讓雙方漁船都能進入捕魚，但我方不願接受，原因是日方區劃的水域面積太小，漁獲不多，且該水域內多為鰹魚，並沒高經濟價值鮪魚。 此外，因為日本與中國大陸已就北緯廿七度以北的經濟海域劃界達成協議，雖然台日雙方專屬經濟海域重疊部分超過北緯廿七度，事實上日方只就北緯廿七度以南的海域與台灣協商。 二○○四年前由於日方並沒有嚴格執法，雖然遲未達成共識，雙方多能相安無事，但從去年開始，日方在民代及漁民的壓力下，開始嚴格依據其主張的中線執法，我國漁船被扣及被驅離的案件增加許多。去年我方有八艘漁船被扣，今年迄今已有四艘。 漁船遭日方扣押或驅離，政府因此承受來自漁民的強大壓力，但依據漁業署的資料，去年以來被扣的十二艘漁船作業地點都在我方暫定執法線以東，甚至向北到達接近日本九州的海域，換言之，即使依據我方主張的劃界，這些船也算是越界。 「傳統漁場」概念是另一個造成台日漁業會談難以達成共識的因素。日據時代台灣漁船可以到日本所有地方捕魚，台灣光復後，依據當時的國際法漁民還是可以到日本領海外的海域作業。儘管一九八二年海洋法公約創設「二百浬專屬經濟海域」，但許多漁民仍依據早年的作業海域主張傳統漁場，質疑「以前可以，為什麼現在不可以？」 為爭取漁民權益，每次台日漁業會談觸礁，我方就會提出「未達成協議前，維持傳統漁場秩序」的要求，至於傳統漁場的定義及範圍，我方也無法說明。 回顧過去，談到即將於七月廿九日展開的第十五次台日漁業會談，官員強調，大家不應期待一次會談就能化解雙方所有歧見，過去台日雙方的立場像是兩條平行線，如果這次談判能讓這兩條平行線接近一點，就算是進展。