教育部反對台北市公布國中基測分區組距，台北市不惜放話，研議明年脫離台北縣、基隆市，自成登記分發區，但是遭其他兩縣市及教育部抨擊，因為屆時考生可選填志願將減少一半，北市考生權益也大受影響。 台北市教育局長吳清基表示，現行基北區涵蓋三縣市，有九萬多名考生一起分發，但多數考生希望到台北市就學，高達四成台北市高中職學生來自外縣市，北市考生權益已受嚴重排擠。 吳清基舉例，不少中和區的國中畢業生，發現自己基測成績上不了台北市前三志願，還可填中和高中為第一志願，但北市考生長年因過多北縣、基市考生選填北市學校，導致上不了最適合的學校。 他說，若北市自成一個登記分發區，外縣市考生仍可跨區登記，不影響他們的權益，但更可照顧北市考生。 不過，教育部中教司司長李然堯認為，北市若成為獨立招生區，北市考生可選填的志願也將銳減；以公立高中而言，目前北市有廿七校，北縣、基市加起來也有廿六校，一旦北市獨立成一區，外縣市優秀考生仍會跨區登記產生排擠效應，北市中後段考生在減少廿六個公立高中志願後，一不小心就會落到高職或私立高中。 台北縣教育局長潘文忠也批評，北市想自成獨立招生區，將造成基北區三縣市的區域衝突，北市是三地教育資源最豐厚的地區，更應該站在照顧弱勢的角度，提供鄰近縣市學生優良就學環境，不是把門關起來，只接納考試成績很好的學生，營造北市是全國最優良教學地區的假象，嚴重悖離「把所有孩子帶上來」的全國教育目標。 基隆市教育局主任督學李春國也認為，北市教育資源遠超過北縣、基隆，只想招收北市學生的心態不可取，且北市自成招生區後，基隆考生就讀公立高中機會大減，假設錄取北縣海山高工，就得坐車先經過台北市再轉往台北縣，通學很辛苦。