三二○大選後，立法、行政互動陷入冰河期，部分首長選後拒不列席立院委員會，朝野關係更僵。以法制委員會為例，自三二○後邀請列席的首長共四十二人次，竟僅一人到場，多數首長選後從未現身，部分連職務代理人也不來。 三一九當天總統府秘書長邱義仁宣布「國安機制啟動」，引發泛藍質疑，法制委員會因此在三二○後安排多場關於國安機制的會議，以釐清「真相」。不過，除了國安局長薛石民外，其他政府首長都從未現身備詢，法制委員會的「首長備詢率」，只有百分之二點三。 根據立法院的資料，總統府秘書長邱義仁本會期從未在法制委員會現身，六次缺席的理由多為「非屬本府之職掌」；國安會秘書長康寧祥也是法制委員會的稀客，五次不來常是因為「主持重要會議」；新上任的國安局長薛石民算是列席率最高者，四次會議中到了一次，也就是上任當天短暫列席兩小時，其餘都「另有要公」。 其他首長如前後任內政部長余政憲與蘇嘉全、國防部長湯曜明、法務部長陳定南、警政署長張四良、檢察總長盧仁發等首長，三二○後就一次也沒有到立院列席過，每次備詢的次長級官員，對國會的質詢多是一問三不知，法制委員會對首長缺席所做的「譴責案」，從未發生嚇阻效果。 首長屢請不到，法制委員會召委呂學樟說，陳總統一連任就「升格為皇帝」。親民黨立委周錫瑋說，扁政府似是故意激怒立委，讓「立委不斷罵人，電視上形象更壞」。 對邱義仁以「非屬本府職掌」理由不來備詢，國民黨立院黨團副書記長黃德福質疑，早在國安會決議「啟動國安機制」前，邱義仁就已宣布啟動，國安機制既然「非屬本府職掌」，邱義仁怎能違憲違法、越權宣布啟動？ 黃德福說，首長不敢到法制委員會報告國安機制，是「作賊心虛」。他分析，三一九槍擊案當天參加過「國安會議」的政務首長，很多都被扁政府「緊急撤換」，以免在立法院被立委所迫而現形，包括內政部長、外交部長、國防部長、國安局長、警政署長等都已換人；其他相關官員也從未列席備詢，「集體串供，集體逃避國會監督」。 法制委員會召委黃昭順也數度怒斥官員「藐視國會」，「連立法院監督都可以逃避，還有什麼事做不出來？」她在主持議事時曾揚言，既然官員另有要公，那法制委員會就開會到晚上，等官員的「要公」處理完再來備詢；不過，即使法制委員會延到晚上，仍未見官員影子。