陳水扁總統任命高雄市長謝長廷出任行政院長後，高雄市代理市長的人選，一直是各界關注焦點。謝長廷下午將正式宣布由行政院發言人陳其邁代理高雄市長，這也是謝長廷確定組閣後，第一項公開宣布的人事案。 由於高雄市長在民進黨內角逐者眾，一般認為，謝長廷北上後，代理高雄市長的人選未來可望成為黨內候選人，進而成成功問鼎高雄市長寶座。因此，包括前內政部長余政憲、勞委會主委陳菊和高雄市副市長林永堅都曾表達意願。 由於執政黨高層對余政憲將另有安排，加上林永堅已由謝長廷先行勸退。 最後只剩下陳其邁、陳菊兩人相爭，不過，民進黨高層考量陳其邁是高雄在地人，曾任三屆立委，任內問政、立法表現傑出，加上轉任行政院發言人後，有為有守，具有行政歷練，且多次在高雄地方民調中，陳其邁均遙遙領先黨內其人他人士，最後決定由陳其邁代理高雄市長。