高屏溪著手整治逾二年，高屏溪流域管理委員會檢視水質檢測成果，發現畜牧汙染源並未完全杜絕，養豬戶散居屏東縣武洛溪一帶，枯水期排放汙水問題更嚴重。 高屏溪於數年前遭長興化工廢棄物排入，引起大高雄地區飲水汙染恐慌，包括經濟部水利署、環保署、行政院農委會等單位共同籌組「高屏溪流域管理委員會」長期監測管理，不過委員之一的國立高雄科技大學周志儒博士指出，流域附近離牧政策不夠落實，以致養豬廢水汙染問題「原地踏步」。 高屏溪流域管理委員會執行養豬戶拆除補償計畫以來，還有六百卅三頭豬分散飼養，周志儒指出，六百多頭豬隻排洩的汙物，相當於三千人的汙染量，枯水期時，濃度相對提高，水質更惡化。 周志儒說，高屏溪水域遭工業汙染問題，幾乎不存在，不過畜牧汙染情形，仍未見有效處理，追根究柢，養豬業者規避稽查、汙水接管率尚未普及，都是原因。