行政院農委會曾行文各縣市政府，要求自九十二度起，依財政收支劃分法自行編列預算，辦理全民造林所需新植獎勵金及育苗經費 ；但經南部八縣市共同反映後，農委會同意仍由該會繼續編列預算補助辦理。 農委會表示，九十三年度全民造林補助費照列，至於九十二年度補助費，因為總預算案已送立法院審議，未列該項補助經費，將在完成追加預算程序後撥補各縣市政府。