教育也見小三通，二百多名大陸台商子弟學生新學期起，將由廈門等地搭船至金門上學。金門縣教育局表示，目前有二百多名台商子弟登記轉學到金門就學，每周二、四往返金門與福建地區的船班，將開出加班船，方便台商子弟學生搭船返家，未來將向教育部爭取在金門設立台商子弟學校。 隨著小三通政策逐漸鬆綁，台商和子弟可比照金門人，循「小三通」途徑往來金門與大陸部分地區；而教育部同時開放金門地區的各級學校招收福州、廈門等地台商子弟就學，目前登記到金門就學的台商子弟中，九十八人就讀金湖國小，七十二人就讀金城國中，四十多人轉學金門高中，這些台商子弟學生將與金門當地學生混班上課。 因往返金門與福建沿海地區的船班，目前還無法依學生上下課需求，每天有固定航班。金門縣教育局已騰出兩棟舊的教職員宿舍，將擴建、整修做為台商子弟宿舍。 教育部人員表示，目前福建地區的台商達五萬多人，但該地區仍未設置台商子弟學校，因此台商的子女多就讀大陸地區學校，若要回台升學考試，會有課業銜接問題，開放台商子弟就近到金門上課，至少課業能順利銜接。