九十一學年度高中職及五專多元入學方案，仍以登記分發入學管道招生名額最多，高中透過登記分發招生名額為七成，高職、五專為四成，其餘名額則以申請入學、甄選入學管道招生。由於教育部今年嚴格限制高中職辦理甄選入學範圍，因此全台各知名高中申請入學招生名額，多超過二成五，符合這些學校招生簡章特別條件，且第一次基測分數達到這些學校門檻標準的考生，就可申請入學知名高中。 根據教育部規定，九十一學年度高中必須設有數理及語文資優班、音樂、美術、舞蹈、戲劇、體育等特殊才能班級，才能辦理甄選入學招生。為了統籌甄選入學招生，全台各地區高中多以特殊才能班級，分別成立甄選入學聯合招生委員會，共同辦理招生事宜，考生可以到國中學生基本學力測驗推動工作委員會網站，查詢高中職辦理甄選入學的詳細資料，網址為http://WWW.bctest.ntnu.edu.tw。 包括台北市建國中學、北一女中、師大附中、新竹女中、新竹中學、台中一中、台中女中、台南一中、台南女中、高雄中學及高雄女中等知名高中，今年都辦理數理資優甄選入學，這些學校數理資優班甄選入學設定的基測門檻分數通常高於申請入學，例如高雄中學數理資優班甄選入學基測分數須達二百六十分（總分為三百分），申請入學只要二百四十分。 國內首屈一指的建國中學今年則辦理體育特殊才能甄選入學，是建中設校百年以來，首度招收體育班學生，建中主要是發展籃球、排球及羽球等三項重點項目，並將招收具有田徑、網球、橄欖球、游泳及桌球等運動優良學生。招生評選方式，除了參採國中基測成績外，還要加考體育術科。 另外，像桃園武陵高中、師大附中、新竹中學等知名高中，今年則辦理音樂班甄選入學。 至於透過申請入學招收新生，全台各地區知名高中九十一學年度招生名額都在數百名左右，簡章彙編已經發售，考生可以直接上各校網站查詢。 申請入學以第一次國中基測成績當作門檻，考生成績必須通過門檻標準，才能報名申請入學。全台各地區知名高中申請入學所訂定的國中基測門檻分數，大多在二百二十分以上，台北市建中、北一女中、中山女高、成功高中等校，申請入學基測門檻分數都為二百五十分，師大附中較為特殊，只要二百分即可。 其他地區知名高中申請入學訂定的基測門檻，新竹中學、新竹女中為二百分；台中一中規定基測總分百分等級達九十九以上者，優先錄取，台中女中基測達二百六十分，數學和自然總分合計一百一十四分以上者，擇優錄取，英文和國文總分合計一百一十四分以上者，錄取二十名。 高雄中學申請入學基測總分門檻為二百四十分，單科門檻為四十五分以上；高雄女中單科門檻四十分以上，總分需達二百三十五分。 為了錄取擁有數理、語文競賽表現優異的學生，全台知名高中申請入學都訂有優先錄取特別條件，考生不受申請入學總分門檻限制，這些特別條件包含曾獲選國際奧林匹亞數理競賽國家代表資格、曾獲亞奧運代表資格及曾獲選國際科展正選代表等。