微囊藻毒（Microcystin-LR）是由微囊藻產生的肝臟毒素，它也是一種腫瘤促進因子，會誘發急性肝炎並致肝癌；國外曾發生過水牛、鱷魚喝了含有毒藻的水而死亡，1998年巴西更傳出洗腎用水遭微囊藻毒汙染，導致洗腎病患集體急性腎衰竭死亡案例，震驚全球；學者認為，我國政府及自來水公司對微囊藻毒的警覺都不夠，應儘速建立監測機制，並訂出飲用水中的管制標準。 微囊藻屬於藍綠藻群的一種，由很多微小細胞構成，藻體較大，形狀不規則；喜歡在優養化水體中生活，水庫上游如有家戶、畜牧、旅遊等汙染源，就會造成藻類大量繁殖，在水面形成藻華或浮渣，並使水體產生強烈的霉味。 國內外研究也顯示，水溫愈高，微囊藻的繁殖速度愈快，因此環保署在2月及5月調查的數據，可能還不足以代表全年的最高值。 林口長庚醫院臨床毒物科主任林杰樑指出，巴西發生52名洗腎病患因飲用含有微囊藻毒的水而死亡的事件，促使WHO訂出飲用水微囊藻毒含量標準，如今美國、加拿大、巴西、澳洲、紐西蘭等國都訂有標準，但國內長期忽略此問題，相關單位宜儘速因應。 環保署檢驗所組長許永華表示，未來環保署測出藻毒升高，超過世衛組織標準時，就會發出預警，請水公司儘量不要抽取水庫表層、藻類密度較高的原水，改抽中層或底層的水。