因合併而消滅的公司，在合併生效日前，股東可扣抵稅額帳戶如出現負數，財政部明令應由合併存續或新設公司承受。這項規定將使超額分配未分配盈餘的消滅公司，須由存續公司負責填補不足，而使分配給股東的抵稅額減少。 財政部已經發布行政命令，因合併而消滅的公司，在合併生效日前，經稽徵機關調查核定減少的營利事業所得稅稅額，依所得稅法規定，可以自其股東可扣抵稅額帳戶餘額中減除。但因此導致合併生效日，該帳戶的餘額變為負數者，該負數餘額仍應由合併後存續或新設公司承受，並全數計入其股東可扣抵稅額帳戶餘額。 依據所得稅法第66條之3第1項第5款規定，因合併而承受消滅公司的股東可扣抵稅額帳戶餘額，應計入當年度股東可扣抵稅額帳戶餘額。但不得超過消滅公司帳載累積未分配盈餘，按稅額扣抵比率上限計算的稅額。因合併而消滅的公司，在合併生效日的稅額扣抵比率為負數者，既未超過稅額扣抵比率上限，依法須由存續或新設公司承受。 財政部並指出，合併消滅公司的股東可扣抵稅額帳戶為負數，表示營利事業已將稽徵機關未核定減少稅額前已繳納的稅額，分配給股東，扣抵其綜合所得稅額。