台南市鹿耳門溪養殖的蚵遭到戴奧辛汙染，雖然未超過歐盟標準，但在蚵棚或河口釣的魚，最好不要吃。 鹿耳門溪下游蚵棚及出海口堤防是台南市主要釣場之一，尤其北側防波堤已成為前打釣的新天地，對象魚是黑鯛、紅槽、金目鱸及牛尾；南側堤防除黑鯛外，瓜仔、魟魚也很捧場；在蚵棚釣到的魚以黑鯛、花身雞魚、石斑居多，魚體不大。 台南市安南區中國石油化學公司安順廠周遭部分的魚塭、潮溝、儲水池等底泥都被環保單位檢測出高含量的戴奧辛，工廠海水池上游即鹿耳門溪，其底泥戴奧辛含量在工研院建議的標準值32皮克上下，沒有竹筏港溪及鄰近魚塭底泥汙染嚴重，但此段鹿耳門溪養殖的蚵經檢驗發現，戴奧辛含量最高二點多皮克，未超過歐盟的標準4皮克，仍在可食用的範圍。 不過，戴奧辛在人體內會累積，持續食用仍有危害健康之疑慮；本地的釣友大都知道汙染的嚴重性，只是釣著好玩，不會帶回家食用，為了安全起見，當地釣友也常提醒外地來的同好，鹿耳門溪釣到的魚，還是不要食用為妙。